Miljöövervakningens resultat används i uppföljningen av de nationella miljökvalitetsmålen, för internationell rapportering samt i vattenförvaltningen enligt EUs ramdirektiv för vatten. En annan viktig uppgift för miljöövervakningen är att avslöja nya, hittills okända miljöstörningar.
 
SGU är utförare inom den nationella miljöövervakningen vad avser grundvatten och havssediment på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten och Naturvårdsverket. SGU är även nationell datavärd för grundvatten och sediment. Datavärdskapet innebär att data från den nationella och regionala övervakningen av grundvatten och sediment kan hämtas via SGUs webbplats.

Den statligt finansierade nationella miljöövervakningen är indelad i tio olika programområden. SGU genomför delprogram inom tre av dessa, Sötvatten, Kust och hav samt Skog.